根据Moore-Ede and R.Lydic等报告:生物钟就是下丘脑中的二串神经细胞。以及HTS、脑生物钟区域受到损伤和病变会出现生物节律失常。本文提出脑生物钟的生物物理模型如下:脑生物钟是位于充满生物液的第三脑室由二串神经细胞组成的巨系统,每一子系统的神经细胞处于规则排列的势阱与势垒相间的某种耗散状态中,势阱里的生物活性物质是各种亚细胞器和细胞质的生物大分子凝聚态;因而从分子生物学的观点看来,巨系统、子系统和亚细胞器都是遵守量子生物学规律的生物组织。写出巨系统的有效哈密顿算符,解生物钟的量子生物学方程——即生物钟里公有化电子的薛定格方程。在一次近似与二次近似下获得了生物钟子系统的能级公式和生物钟里一串神经原的载波和轨道波函数。而且在二次近似下,载波的振幅与编序位置(N+μ)处外界输入脑生物钟的信号有关,因此,生物钟子系统上的载波比固有载波复杂得多,而且出现电子的能级分裂。构成生命组织的生物大分子凝聚成的量子态不是量子力学的基态,起因于生命物质的有序结构有多级量子生物力学规律性。使生命物质处于由开放系统的内部和外部相互作用所制约的激发态。